Pages

Showing posts with label Penelitian. Show all posts
Showing posts with label Penelitian. Show all posts

Wednesday, 12 August 2015

Biosimilar dan Era Three Omics

Essay yang saya submit ke Novartis biocamp tapi belum lolos,
Just Feel Free to read, copy, growing ideas etc...

Berawal dari latar belakang Indonesia sebagai negara maritim, tentu saja banyak sumber daya termasuk senyawa bioaktif yang potensial untuk dikembangkan. Salah satu senyawa bioaktif yang potensial untuk dikembangkan adalah yang berupa protein. Dengan adanya konsep Three omics yaitu Genomic (DNA), Proteomic (Protein) dan Metabolomic (metabolit protein dari fungsi biologis yang dijalankan oleh protein). Maka saat ditemukan senyawa protein yang potensial sebagai anticancer kini tidak perlu lagi terus-menerus mengambil dari alam. Berkat adanya teknologi sekuensing, kita bisa mengetahui whole genome (keseluruhan materi genetik) suatu organisme, Nah dari urutan asam amino ini melalui biosintetik dapat diproduksi protein sejenis secara biosintetik menggunakan teknik molecular cloning. DNA yang mengkode protein potensial tersebut disisipkan ke host dengan bantuan vektor (plasmid yang membawa DNA). Setelah DNA berhasil masuk ke host ia akan meng-ekspresikan protein yang dimaksud.

Biosimilar sendiri adalah suatu senyawa yang memiliki bentuk, fungsi dan efektifitas sama dengan lead compund. Definisi dari FDA Amerika menjelaskan bahwa lead compund ini adalah suatu senyawa komersial yang sudah dipatenkan sebelumnya dan sudah terbukti efektif secara klinis. Hingga kini regulasi biosimilar sendiri masih dalam perdebatan di beberapa negara. Baru USA yang sudah mengijinkan penerapan biosimilar ini. Sementara Uni Eropa sedang mempertimbangkan, Indonesia ndak tahu masih sibuk sama politik nanti cuma beli paling.

Kabar baiknya dalam tahun ini banyak obat-obatan yang patennya habis. Maka perusahaan lain bebas untuk membuat senyawa baru dengan kualitas dan efektifitas sama tanpa perlu membayar royalti.   

Salah satu obat kanker potensial yang kini banyak diteliti karena kemampuannya memicu apoptosis spesifik hanya pada sel kanker saja adalah Apoptin yang diisolasi dari CAV (Chicken anemia virus). Saya mendapatkan informasi ini melalui sebuah seminar tentang kanker di UNS waktu jaman S1 doeloe.

Idenya adalah mencari senyawa aktif yang potensial sebagai apoptotic inducer setara apoptin, lalu langsung diaplikasikan dengan biosimilar. Tentu saja masih banyak kelemahan dalam ide yang saya sampaikan makanya saya upload di blog :P Terutama dari sisi biaya apabila diterapkan. Seperti yang kita tahu bahwa drug discovery perlu waktu dan dana yang tidak sedikit sampai bisa dijual. Tentu saja harus melewai clinical trial. 


Sunday, 2 February 2014

Mastering Class of Infectious Disease 2014: New experience in a broader ranges..

Kenapa saya menulis "New experience in a broader ranges.. " widiih bahasa inggris. Tetapi Isi tetap bahasa tercinta bahasa Indonesia. Broader ranges karena pada acara Mastering Class kali ini saya mendapatkan pengalaman berharga karena bisa mendengarkan kawan-kawan dari berbagai institusi riset dan universitas yang memaparkan penelitian mereka. Tema infectious disease yang ditentukan oleh panitia dengan cakupan yang dukup luas mulai tuberculosis, antimicrobial resisten pada Infeksi saluran kencing, dengue, malaria, hepatitis hingga HIV. Dari sisi profesi juga beragam mulai dari public health, klinisi (dokter) sampai asisten peneliti.
Konsep Mastering Class 2014 ini adalah setiap presenter memaparkan penelitian masing-masing selama 10 menit kemudian diikuti dengan diskusi selama 15 menit. Diskusi dipandu oleh Panelis, pada kesempatan ini yang menjadi panelis adalah Prof.Manno (Univ of Amsterdam), Prof. David (Eijkman Institute) dan Dr.Sudirman Natsir (UNHAS). 
Dari sekian presentasi yang dipaparkan ada beberapa presentasi yang menurut saya menarik yang mengarah ke immunologi tentunya. Secara penelitian saya juga Imun jadi merasa senasib sepenanggungan hehe. Tapi bukan itu alasannya.. ha.. :P
Salah satu penelitian yang menarik yaitu "Identification of Immune Response Against HBV Peptides in The Development of Therapeutic Hepatitis B Vaccine".Sebelum melakukan uji in vitro peneliti terlebih dahulu melakukan uji in silico dengan immunoinformatics. Tujuan penelitian tersebut adalah untuk mengetahui respon imun CTL  (CD8 T Sitotoksik) terhadap antigen HBV (HBcAg) epitopes pada pasien. Setelah uji in silico selesai baru dilakukan uji in vitro pada PBMC (Peripheral Blood Mononuclear Cell).
Kemudian presentasi terbaik adalah "Identification of Mosquito Blood Meal" penelitian tersebut menggunakan metode PCR pada Cytochrome B untuk mengkarakterisasi preferensi pakan pada nyamuk. Kemudian dibedakan berdasarkan ukuran fragmen DNA apakah berasal dari manusia, babi atau sapi (cmiiw). Presentasi yang jelas, simpel, hasilnya bagus dan efektif. Awesome!!
Lalu bagaimana dengan JakCCANDO Study? Ehm... Overall bisa menjawab pertanyaan, namun saya sendiri menyadari dari awal sebenarnya penekanan presentasi adalah pada CMV Footprint dan Profil Immunology karena terlalu bersemangat mungkin, Jadi saya terlalu luas memberikan penekanan pada keseluruhan project. Membuktikan peran CMV dapat menyebabkan gangguan fungsi jantung dan gejala klinis lainnya. Menurut para panelis penelitian saya terlalu ambisius sehinggu perlu di desain ulang. Yup... Never ending learning itu yang dapat saya pelajari :).  
Senang bisa diberi kesempatan untuk berdiskusi dengan peserta MC 2014 lainnya... Alhamdulilah...
Mengingat sebelum keberangkatan fd hilang, charger laptop ketinggalan di kosan tapi intinya Be Positive!! Dan Terimakasih untuk sarannya buat pake batik merah my lovely.. Hehe..
Positive, Pray and Persistent!!

Pada saat presentasi tentang JakCCANDO Study, Panelis dan Seluruh Peserta MC 2014

Sunday, 22 September 2013

Perth Training Work Hard Play Hard

Akhirnya bisa menulis lagi kali ini pengen nulis pengalaman selama dua minggu training di Perth, Western Australia. Dua minggu yang sangat berkesan saya bertemu orang-orang hebat, inpiratif dan super baik. Kesempatan yang berharga bisa melihat belahan dunia yang lain. Kota kecil yang indah... Perth.. :D

Mungkin saya akan menulis dalam beberapa chapter yaitu
1. Departure
2. Work Hard (ELIFLOW)
3. Play Hard (Wintroph Hall, Kings Park, Freemantle, & Chicerelo's)
4. Moment of Wisdom
 


Just Enjoy...


Wednesday, 19 June 2013

Public Lecture Vaccine Design & Bioimaging Probe, Sebuah perspektif yang berbeda Immunologi, Bioinformatik, dan Biologi Sel

Berawal dari informasi di milis biotek, akhirnya saya dapet kesempatan untuk hadir di acara public lecture ini. Meskipun awalnya gak kebagian kuota, tapi ternyata ada temen yang pas hari-H ga bisa datang. Terus saya gantiin deh dateng ke acara ini. Pembicara public lecture ini ada 3 yaitu Prof.Chang Young-Tae (NUS), M.Asif Khan, Ph.D (Perdana University), dan  Tan Swan (Perdana University). Kita akan membahas dua pembicara yaitu Asif Khan dengan Prof. Chang menurut saya keduanya memberikan kuliah yang cukup menarik dan baru bagi saya :).
Vaccine Design, itu yang dibawakan oleh Asif Khan. Awalnya saya membayangkan akan menemui public lecture yang membahas tentang bagaimana membuat vaksin, clinical trial dan sebagainya. Nyatanya tidak, itulah kenapa saya sebut "perspektif yang berbeda". Karena membahas vaccine design melalui sudut pandang bioinformatika. Meskipun demikian tentu saja prinsip-prinsip imunologi yang terkait dengan vaksin tidak bisa begitu saja ditinggalkan.
Pertama-tama Asif Khan menjelaskan tentang latar belakang vaksin. Seperti yang kita tahu bagaimana vaksin mampu menyelamatkan jutaan nyawa manusia. Dimulai dari Edward Jenner yang menemukan vaksin smallpox, Sabin menemukan vaksin polio hingga Pasteur yang menemukan vaksin rabies. Pada tahun 1981 baru ditemukan vaksin sub unit Hepatitis B dan mendapatkan lisensi pada 1986 oleh Hilleman.
Bioinformatik terkait immunologi ini disebut "immunoinformatics". Imun sistem termasuk sangat kompleks bagi para pembaca janeway anda pasti sudah paham :), juga termasuk salah satu ilmu baru yang sampai saat ini terus mengungkapkan fakta-fakta baru. imunologi sangat penting untuk mengungkap mekanisme pertahanan tubuh manusia. Secara spesifik memahami bagaimana tubuh kita mampu menghadapi patogen dan kemudian mengenali, memusnahkan dan memiliki sistem pertahanan jangka panjang.
Saat ini penelitian genomik dan protemik yang terus berkembang berdampak signifikan terhadap kemajuan bidang imunologi. Data sekuens manusia dan organisme lain termasuk virus maupun bakteri patogen. Di saat bersamaan data terkait imunologi klinik dan fungsional juga banyak berkembang. Bioinfomatik menjadi jembatan yang menjembatani keduanya dan berkembang menjadi imunologi komputasional (Computational Immunology) atau (Immunoinformatics).
Konsep yang diterapkan dalam immunoinformatics sebenarnya sama, yaitu memakai sequence alignment dan protein prediction tools. Namun hasilnya dikombinasikan dengan konsep sistem imun yang terkait dengan fungsinya. Untuk menghasilkan interpretasi data demikian maka dari hasil protein prediction tersebut dianalisis antigenic site-nya (lokasi yang berpotensi sebagai antigen). Apa itu antigen, adalah benda asing yang dikenali oleh sistem imun sebagai non-self (bukan bagian dari tubuh kita). Apakah produk yang dihasilkan tersebut mampu menginduksi sistem imun. Kabar baiknya semua analisis tersebut menggunakan software. Maka kini muncul istilah in-silico dengan kata lain analisis menggunakan chip yang ada di komputer, setara dengan istilah in-vivo (di dalam tubuh) dan in-vitro (di luar tubuh).
Prof.Yong Tae  sebagai pembicara kedua membawakan tema bioimaging probe. Awalnya peserta diberikan ilustrasi buah apel di tengah kebun yang rindang. Kemudian ditanya, dimanakah apel yang kita cari? tentu saja susah untuk membedakan dengan objek di sekitarnya. Maka apel tersebut perlu diberikan warna. Demikian halnya dengan sel organisme, untuk melihat bagian tertentu maka perlu diwarnai. Itulah peran bioimaging probe, dengan menggunakan luminescence atau flourescence. Salah satu penelitian prof adalah Diversity Oriented Fluorescence Library (DOFL) yang merupakan gabungan antara combinational chemistry dengan high throughput screening hasilnya mampu meningkatkan penemuan zat-zat pewarna untuk bioimaging probe, lebih jelasnya silahkan langsung ke TKP (di sini).

Postingan ini sebenarnya hanya bersifat pendahuluan dari bioinformatik dan bioimaging probe, mohon maaf atas penjelasan yang kurang detail ya..
Masih belajar juga buat nulis yang baik

Semoga Bermanfaat..